A quimioterapia antimicrobiana é a aplicación clínica de axentes antimicrobianos para tratar enfermidades infecciosas. Hai tres tipos de quimioterapia antimicrobiana segundo o tipo de microbio que se quere combater:
A quimioterapia antimicrobiana non debe confundirse coa quimioterapia contra o cancro ou oncolóxica. A palabra quimioterapia orixinalmente significaba o uso de axentes químicos para tratar enfermidades. Os quimioterápicos actúan no interior do corpo, polo que a súa toxicidade debe ser limitada.